Por favor, veja que o script referenciado se conecta ao próprio servidor de banco de dados. Ele não esperar um despejo!
./mysql2sqlite -h example.com -u root -pMySecretPassWord myDbase | sqlite3 database.sqlite
Esta é a forma como o script deve ser executado. Com host, nome de usuário, senha e o banco de dados mysql que você gostaria de despejar.
Como os dumps do banco de dados e os recursos do DBMS podem ser muito diferentes entre diferentes DBMS (como MySQL e sqlite3), eu recomendaria instalar um servidor MySQL local em vez de usar sqlite3. Que vantagem você obteve ao fazer alterações no sqlite3, que você não pode aplicar ao banco de dados de produção MySQL sem alterações?