Este é um problema comum ao usar o mysql2 gem versão 0.2.11 ou inferior em combinação com multithreading. Há um bug no rastreador de problemas com detalhes sobre o problema, mas, em conclusão, o conselho é:

1. Atualize a versão do gem que você está usando para >= 0.2.12
2. Adicione o reconnect: true opção sua configuração de conexão db no database.yml arquivo

Você provavelmente já resolveu seu problema, mas isso pode ajudar outras pessoas que se deparam com essa pergunta.