Eu suspeito que
%ProgramFiles% está apontando para a pasta errada. Tente
@echo %ProgramFiles% de um arquivo para ver em qual pasta ele está procurando. Você deve ter certeza de que não está em Program Files x86 pasta. Encontrei este link também, talvez possa ajudá-lo?
Fonte:como obter arquivos de programa x86 env variável?
EDITAR
Para ter certeza, você pode tentar com o caminho completo em vez da variável do sistema?
Assim,
@echo off
echo Installing MySQL Server. Please wait...
msiexec /i "mysql-installer-community-5.6.14.0.msi" /qn
echo Configurating MySQL Server...
"C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\bin\mysqlinstanceconfig.exe"
-i -q ServiceName=MySQL RootPassword=mysql ServerType=DEVELOPER
DatabaseType=MYISAM Port=3306 Charset=utf8
echo Installation was successfully
ou mesmo
@echo off
echo Installing MySQL Server. Please wait...
msiexec /i "mysql-installer-community-5.6.14.0.msi" /qn
echo Configurating MySQL Server...
cd "C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\bin\" <-- set folder first, then run executeable
mysqlinstanceconfig.exe
-i -q ServiceName=MySQL RootPassword=mysql ServerType=DEVELOPER
DatabaseType=MYISAM Port=3306 Charset=utf8
echo Installation was successfully
