Não tenho certeza se esta é a melhor prática. Também pode não ser bom se você tiver muitos dados no banco de dados. Mas gostaria de sugerir.
1. Obtenha os IDs de categoria em uma matriz.
2. Junte-se às tabelas da seguinte forma, para cada categoria. (Usando um loop foreach para a matriz)
$this->db->select('*');
$this->db->from('at_category');
$this->db->join('at_category_taxonomy', 'at_category.cat_id = at_category_taxonomy.cat_id');
$this->db->join('at_shop', 'at_category.cat_id = at_shop.shop_category');
$this->db->where('at_category', 1);
$query = $this->db->get();
no código acima,
$this->db->where ('at_category', obtenha o ID da matriz ); 3.
$query é o resultado para cada categoria. 4. O número de lojas para cada categoria pode ser considerado como,
$numberOfShos = $query->num_rows();
