Duas regras a serem seguidas ao criar grandes importações em lote como esta:

• 
  Desabilitar log SQL:($manager->getConnection()->getConfiguration()->setSQLLogger(null); ) para evitar grandes perdas de memória.
  
• 
  Lave e limpe com frequência em vez de apenas uma vez no final. Eu sugiro que você adicione if ($i % 25 == 0) { $manager->flush(); $manager->clear() } dentro do seu loop, para liberar a cada 25 INSERTs.
  

EDITAR: Uma última coisa que esqueci:não mantenha suas entidades dentro de variáveis ​​quando não precisar mais delas. Aqui, em seu loop, você só precisa da entidade atual que está sendo processada, portanto, não armazene a entidade anterior em um $coordinatesfrcity variedade. Isso pode levar a um estouro de memória se você continuar fazendo isso.