A biblioteca R mysql depende de libmysqlclient/libmariadbclient. A falta de caching_sha2_password parece ser um indicador de que uma versão antiga do mysqlclient ou um libmariadbclient não está instalado. Apenas muito recentemente caching_sha2_password foi adicionado ao mariadb (3.0.8)
Uma alternativa, como esta resposta , é alterar o usuário no mysql para usar um mecanismo de autenticação diferente:
Você define o usuário de volta para mysql_native_password:
ALTER USER 'username'@'localhost'
IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY 'password'
Para tornar isso o padrão para todos os usuários recém-criados, altere a configuração my.cnf/my.ini
default_authentication_plugin=mysql_native_password 
