Para algo assim, acho que o SSIS seria o mais simples. Ele foi projetado para pastilhas grandes de até 1 TB. Na verdade, eu recomendaria este artigo do MSDN Carregamos 1 TB em 30 minutos e você também pode .

Fazer coisas simples, como descartar índices e realizar outras otimizações, como particionamento, tornaria sua carga mais rápida. Embora 30 minutos não seja um tempo viável, seria uma tarefa muito simples ter um pacote SSIS executado fora do horário comercial.

Meu negócio não tem uma carga na escala que você, mas atualizamos nossos bancos de dados de mais de 100 milhões por noite, o que não leva mais de 45 minutos, mesmo sendo mal otimizado.