Você não precisa de cláusulas ON no JPA, porque o JPA já sabe como as entidades são associadas graças às anotações de mapeamento.
Além disso, você está selecionando
application , que não é um alias definido em sua consulta. E suas junções não fazem sentido.
A consulta deve ser simplesmente
select application FROM Application a
join a.customer c
join c.users u
where u.id = :userId
Leia a documentação do Hibernate para entender como HQL e joins funcionam.
