Você acessa outros bancos de dados na mesma instância do MySQL prefixando a tabela com o nome de banco de dados apropriado. IE:
SELECT *
FROM this_database.table_1 t1
JOIN that_database.table_2 t2 ON t2.column = t1.column
Lembre-se
Uma consulta é executada com as credenciais da autenticação usada para configurar a conexão. Se você quiser consultar duas tabelas simultaneamente em dois (ou mais) bancos de dados, o usuário usado para executar a consulta precisará de acesso SELECT a todos os bancos de dados envolvidos.