Essa é uma limitação tradicional do MySQL Workbench. Você não pode abrir 2 modelos ao mesmo tempo em uma única instância do MySQL Workbench. Em algumas plataformas (como o Windows), você pode, no entanto, abrir várias instâncias (apenas tome cuidado ao alterar configurações, conexões etc., pois elas são compartilhadas entre todas as instâncias, o último salvamento vence).

No Windows, pode ser necessário habilitar várias instâncias primeiro alterando a configuração em Edit > Preferences > Others (tab) :