Isso soa difícil. Não entendo por que 32000 - o mysql está se recusando a criar mais bancos de dados do que isso? Qual erro você obtém? Parece arbitrário - talvez esta seja uma variável de configuração que pode ser alterada?

Algumas possibilidades. Você pode executar mais de um servidor mysql , cada um com um diretório de dados diferente. Eu não acho que ajudaria, mas você pode olhar para o mecanismo de armazenamento NDB, ele pode lidar com espaços de tabela o que pode permitir que você armazene dados em vários locais.