Primeiro, você precisa estabelecer um túnel SSH no servidor MySQL. Na máquina cliente, execute:
ssh -fNg -L 3307:127.0.0.1:3306 [email protected]
Isso estabelecerá um túnel SSH para o servidor salt.woofwoof.com. Quaisquer conexões com a porta 3307 do host local serão enviadas através do túnel para o host remoto na porta 3306.
Em seguida, basta configurar seu database.yml como faria para uma conexão local, mas especifique a porta encaminhada 3307:
canine:
adapater: mysql2
database: canine
username: bowser
password: *secret*
port: 3307
Você também pode querer adicionar a configuração do túnel ssh ao /etc/inittab para que o túnel seja estabelecido após a inicialização. Consulte http://chxo.com/be2/20040511_5667.html para um exemplo de como fazer isso.