O MySQL lida bem com isso:
CREATE TEMPORARY TABLE t1 (
c VARCHAR(10)
) CHARACTER SET ="latin1";
INSERT INTO t1 VALUES ("æøå");
SELECT * FROM t1; # 'æøå'
ALTER TABLE t1 CHARACTER SET = "utf8";
SELECT * FROM t1; # 'æøå'
DROP TEMPORARY TABLE t1;
EDIT:E não há caracteres latino-1 que não possam ser armazenados como utf-8, então você não deve ter perda de dados