Basta alterar o conjunto de caracteres de todo o banco de dados:
ALTER DATABASE databasename CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_unicode_ci;
E é claro que você pode fazer isso para alguma mesa.
Mais mais veja a documentação aqui.
EDITAR:
OtherWise, se seus dados já estiverem inseridos em "?" marcas, a realidade é que está danificada.
