Seu aplicativo está sendo executado no IP fornecido em Homestead.yaml portanto, quando localhost é relativo à sua porta de aplicativo 3306 funciona. Ao executar o artisan sem SSH em sua vagrant vm, você está executando o comando relativo ao localhost de sua máquina, não a vm, então você está tentando executar as migrações em uma máquina sem banco de dados.

A razão pela qual a porta 33060 funciona para sua máquina local é porque o Homestead, por padrão, encaminha essa porta para a porta 3306 de suas máquinas virtuais vagrant. Mas devido ao seu .env agora especificando a porta 33060 a máquina virtual vagrant agora não pode alcançar a porta 3306.

Deixe o DB_HOST definido como 127.0.0.1 com a porta 3306 e SSH em seu vagrant vm através do vagrant ssh comando para executar seu comando de migração.

Ou, alternativamente, você pode ter vários .env arquivos para seus vários ambientes