Eu faria assim:

• Crie uma tabela temporária usando CREATE TABLE new_tbl LIKE orig_tbl; sintaxe
• use LOAD DATA INFILE para importar os dados do CSV para a tabela
• Use UPDATE para atualizar a tabela primária usando uma chave primária/coluna única (talvez employee_id )

Eu trabalhei com tabelas contendo 120 milhões de linhas e importei arquivos CSV contendo 30 milhões de linhas - este é o método que eu uso o tempo todo - muito mais eficiente do que qualquer coisa em PHP (e essa é a minha linguagem do lado do servidor de escolha)