Se você fizer uma tabela UPDATE LOW_PRIORITY table ... você garantirá que ele só executará sua atualização quando não estiver fazendo mais nada. Além disso, acho que não há muitas opções dentro do MySQL.

Além disso, está causando problemas agora ou você está simplesmente otimizando algo que não é um problema? Pessoalmente, se eu fizesse atualizações em lote como essas, simplesmente inseriria todos os IDs no memcached e usaria um cronjob para atualizar a cada 5 minutos.