Consegui despejar o esquema incorporado. Peguei em uma página de dicas do Amarok
libmysqld.dll permite usar mysql em seu programa sem configurar um servidor ou carregar um deamon. Também cria os mesmos arquivos que o servidor (diretório mysql, diretório de esquema e arquivo ibdata1). Então eu coloquei esses arquivos em um diretório e disse ao mysqld linux deamon para usar esse diretório como datadir:
mysqld_safe --user=mysql --datadir=/data/myEmbededDB --skip-grant-tables
--skip-grant-tables permitirá conectar-se com qualquer usuário ou senha
Como o servidor aponta para esse diretório agora, posso despejar o esquema incorporado com mysqldump como qualquer outro esquema mysql. O mesmo se aplica se você quiser usar o WorkBench com um esquema criado com libmysqld.dll
Espero que isso ajude outros usuários confusos do libmysqld.dll
:-)
