É mais um problema funcional ou organizacional do que técnico. Nenhuma ferramenta adivinhará automaticamente como migrar dados de um esquema para outro. É melhor você aprender a escrever procedimento armazenado para migrar seus dados.

Você provavelmente precisará desabilitar as restrições, criar tabelas e colunas temporárias, copiar muitos dados e, em seguida, excluir as tabelas e colunas temporárias e reativar as restrições para migrar seus dados.

Uma vez em modo de manutenção, todo novo recurso que modifica o esquema também deve vir com o script que permite migrar do esquema atual e dos dados em produção para o novo.