Eu tive esse mesmo problema com a versão mais recente do MySQL Workbench (macOS). É definitivamente algum bug como anteriormente, eu não tive nenhum problema de engenharia avançada.

Aqui está uma solução alternativa:

Normalmente, você iria para:

• Database > Forward Engineer...

Para contornar esse bug, acesse:

• Database > Synchronize Model...
• Isso procurará quaisquer ERDs abertos que não existam atualmente com o restante de seus esquemas e permitirá que você faça a engenharia direta do esquema dessa maneira.
• Aviso:isso pode ficar complicado se você tiver muitos ERDs abertos e não quiser sincronizar todos eles, portanto, verifique se os corretos foram verificados!

Eu sei que esta é uma resposta tardia, mas esta solução me permitiu projetar um ERD que anteriormente não estava disparando (assim como você descreveu, nada do MySQL Workbench).

Encontrei sua postagem ao tentar encontrar uma solução e, durante a solução de problemas, ouvi uma anedota pessoal sobre essa solução. Ele já pode ser postado em outro lugar na pilha (tentei encontrar o link, mas não consegui encontrá-lo), mas espero que isso ajude :)