Exporte MySQL para CSV, algumas colunas com aspas e outras sem

use o OPTIONALLY ENCLOSED BY cláusula.

SELECT *
FROM table
INTO OUTFILE 'table.csv'
FIELDS TERMINATED BY ','
    OPTIONALLY ENCLOSED BY '"'
LINES TERMINATED BY '\n';

O OPTIONALLY modificador faz isso apenas para colunas de string.

Você também precisa deixar de fora a subconsulta que retorna a linha de cabeçalho. O problema é que todas as linhas de uma união precisam ter os mesmos tipos nas colunas, então está convertendo todas as não strings em strings para corresponder à linha de cabeçalho.