O problema é o formato dos seus dados json, que vem do array $output (associativo). você não quer aqueles '"PER"'s nele! tente substituir estas linhas de código:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e;
print(json_encode($output));
com estas:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e["PER"];
print ('['.json_encode($output).']');
isso mudará $ output de um array associativo para um array padrão de inteiros.
e a linha de impressão adiciona colchetes adicionais em torno dos dados json - que o jqplot requer.
