SymmetricDS funcionaria para isso. É um software de sincronização/replicação de dados habilitado para web, independente de banco de dados. Ele usa tecnologias da Web e de banco de dados para replicar tabelas entre bancos de dados relacionais quase em tempo real. O software foi projetado para ser dimensionado para um grande número de bancos de dados, funcionar em conexões de baixa largura de banda e resistir a períodos de interrupção de rede.

Nós o usamos para sincronizar mais de 1.000 bancos de dados de lojas de varejo MySQL com um banco de dados corporativo Oracle.