Eu não use isso para preencher ids "ausentes", mas isso deve funcionar:
Insert Into t (id)
Select Coalesce( Min(t.id) + 1, 0 )
From t
Left Join t As t2 On ( t2.id = t.id + 1 )
Where t2.id Is Null
Obter todos os
id s onde id + 1 não existe (Left Join ) e insira Min(id)+1 ou 0 se não estiver disponível. 
