Bom, descobri que a função _execute() no CI_DB_pdo_driver dentro do sistema codeigniter não estava funcionando corretamente, talvez seja por causa da versão do php. De qualquer forma eu mudei o código do CodeIgniter de:
function _execute($sql)
{
$sql = $this->_prep_query($sql);
$result_id = $this->conn_id->prepare($sql);
$result_id->execute();
if (is_object($result_id))
{
if (is_numeric(stripos($sql, 'SELECT')))
{
$this->affect_rows = count($result_id->fetchAll());
$result_id->execute();
}
else
{
$this->affect_rows = $result_id->rowCount();
}
}
else
{
$this->affect_rows = 0;
}
return $result_id;
}
PARA:
function _execute($sql)
{
$sql = $this->_prep_query($sql);
$result_id = $this->conn_id->prepare($sql);
$result_id->execute();
if (is_object($result_id))
{
if (preg_match('/^\s*"?(SELECT)\s+/i', $sql))
{
$this->affect_rows = count($result_id->fetchAll());
$result_id->execute();
}
else
{
$this->affect_rows = $result_id->rowCount();
}
}
else
{
$this->affect_rows = 0;
}
return $result_id;
}
A parte que testa se o $sql contém um "SELECT" dentro dele não estava funcionando, então quando tentei INSERT o "$result_id->execute()" estava sendo chamado duas vezes.