Consegui fazer backup e restaurar os blobs usando o seguinte comando mysqldump:
mysqldump --opt --skip-extended-insert --max_allowed_packet=128M -u root myDB > filename
Não tenho certeza se está especificando
max_allowed_packet
na linha de comando ou no skip-extended-insert
isso deu certo. Presumi que meu
max_allowed_packet
de 32M estava sendo usado, mas acho que no arquivo de configuração do mysql está na seção [mysqld] e provavelmente não se aplica ao dump. Ainda não entendo por que não recebi erros no dump ou na restauração.