Tendo trabalhado com ambos, devo dizer que as limitações e/ou bugs no MySQL foram um grande problema para mim... Eu não gosto de PHP, e embora eu respeite a comunidade de código aberto por seus avanços com essas duas tecnologias Eu simplesmente não consigo ver a elegância na forma como qualquer um deles foi montado. Mas não deixe meu gosto pessoal influenciar seu julgamento contra o MySQL.

Eu faço todos os meus protótipos no SQL Server Express e a maioria dos meus clientes usa o SQL Server 2005 completo. A facilidade de transição de um para o outro faz com que seja fácil para mim - posso pegar qualquer coisa que escrevi para o SQL Server Express e coloque direto sem se preocupar que a sintaxe possa ser diferente. As duas limitações nem mesmo atrapalham em um ambiente de desenvolvimento - é apenas quando você chega à produção que elas tendem a ser um problema.

Para mim, o SQL Server vence o argumento.