Você pode se conectar a um banco de dados externo de sua instância do joomla sem usar o recurso atual do seu banco de dados joomla. Tente isto:
<?php
$option = array(); //prevent problems
$option['driver'] = 'mysql';
$option['host'] = 'dbase.host.com';
$option['user'] = 'login';
$option['password'] = 'pwd';
$option['database'] = 'anotherdb';
$db = & JDatabase::getInstance( $option );
?>
Para obter mais informações sobre isso, consulte o Joomla! Documentação
