Se você tiver logs binários habilitados, o mysql fará um registro de todas as alterações, o que é necessário para replicação ou recuperação pontual.
Se você não precisar desses recursos, poderá desabilitar os logs binários que limparão todos os logs existentes de sua instância.
Se os logs binários estiverem habilitados, eles não crescerão indefinidamente. Os logs binários mais antigos que o backup automático mais antigo (7 dias) são limpos automaticamente.