Você já pensou em usar a cláusula "IN" no MySQL?https://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/comparison-operators.html#function_in
Você provavelmente teria algo como:
$query = "SELECT * FROM ".$wpdb->usermeta." WHERE meta_key='company' AND meta_value IN ('".implode("', ', $brand)."')";
(editar: esqueci de adicionar os parênteses ao redor do conteúdo "in")
