sed é geralmente a arma de escolha para tais tarefas. Extraído do mysql dockerfile oficial :
RUN sed -Ei 's/^(bind-address|log)/#&/' /etc/mysql/my.cnf
O comando comenta linhas que começam com
bind-address ou log em my.cnf ou conf.d/*. 
RUN sed -Ei 's/^(bind-address|log)/#&/' /etc/mysql/my.cnf
bind-address ou log em my.cnf ou conf.d/*. 
