Na maioria dos casos, você faria tem duas páginas. A primeira página, do lado do cliente, faz uma chamada para outra página, do lado do servidor, e mostra uma coisa bem giratória enquanto espera. Quando a página do lado do servidor termina de carregar (quando sua consulta é concluída), sua primeira página recebe uma resposta e, em seguida, você pode ocultar a coisa giratória para informar ao usuário que terminou.
Você pode usar AJAX - em Javascript puro ou muito mais simples em jQuery - para carregar dinamicamente alguns dados da sua página PHP e mostrar uma coisa giratória enquanto espera. Eu usei jQuery aqui.
CSS
#loading_spinner { display:none; }
HTML
<img id="loading_spinner" src="loading-spinner.gif">
<div class="my_update_panel"></div>
jQuery
$('#loading_spinner').show();
var post_data = "my_variable="+my_variable;
$.ajax({
url: 'ajax/my_php_page.php',
type: 'POST',
data: post_data,
dataType: 'html',
success: function(data) {
$('.my_update_panel').html(data);
//Moved the hide event so it waits to run until the prior event completes
//It hide the spinner immediately, without waiting, until I moved it here
$('#loading_spinner').hide();
},
error: function() {
alert("Something went wrong!");
}
});
PHP (my_php_page.php)
<?php
// if this page was not called by AJAX, die
if (!$_SERVER['HTTP_X_REQUESTED_WITH'] == 'XMLHttpRequest') die('Invalid request');
// get variable sent from client-side page
$my_variable = isset($_POST['my_variable']) ? strip_tags($_POST['my_variable']) :null;
//run some queries, printing some kind of result
$SQL = "SELECT * FROM myTable";
// echo results
?>