Você provavelmente está executando solicitações ajax, esse é um problema comum...
Eu sugiro que você use o banco de dados da sessão e faça chamadas ajax para não atualizar a sessão ...
Faça isso em sua aula de sessão
class MY_Session extends CI_Session {
public function sess_update()
{
$CI =& get_instance();
if ( ! $CI->input->is_ajax_request())
{
parent::sess_update();
}
}
}
