chrom_only é provável que seja uma seleção de índice ruim para sua junção, pois você só tem valores chrom 22. Se eu interpretei isso corretamente, a consulta deve ser mais rápida se estiver usando
start_end SELECT `inVar`.chrom, `inVar`.pos, `openChrom_K562`.score
FROM `inVar`
LEFT JOIN `openChrom_K562`
USE INDEX (`start_end`)
ON (
`inVar`.chrom=`openChrom_K562`.chrom AND
`inVar`.pos BETWEEN `openChrom_K562`.chromStart AND `openChrom_K562`.chromEnd
)
