Você não pode criar chaves estrangeiras no InnoDB tabelas referenciando MyISAM mesas.

http://dev.mysql.com /doc/refman/5.0/en/innodb-foreign-key-constraints.html

Portanto, sim, você terá que aplicar manualmente as restrições do código do aplicativo se não alterar o mecanismo de armazenamento.

LIKE '%XXX%' as pesquisas não são de texto completo; a menos que você tenha especificado um índice de texto completo e esteja usando funções de correspondência de texto completo, não é necessário usar o mecanismo MyISAM.