Na maioria das vezes, quando aparecem erros quando passamos de WAMP para LAMP, é uma questão de distinção entre maiúsculas e minúsculas. Uma vez que o Windows não é CS, mas o Linux é muito pode quebrar.

Eu poderia:

• Verifique o caso nas classes/páginas que estão apresentando problemas
• Verifique as regras .htaccess (ou remova-as temporariamente) para verificar a ausência de erros