Você perguntou isso há muito tempo, e talvez isso não seja mais relevante para você, mas vou incluir uma maneira de fazer isso aqui para beneficiar os outros.

No Workbench, abra suas propriedades de conexão. Na guia Conexão, selecione a guia Avançado. Lá, adicione as duas opções a seguir à seção Outros (obviamente, altere o local readDefaultFile para o local do seu my.ini).

readDefaultFile=C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.7\my.inireadDefaultGroup=client

Agora, as conexões de abertura devem ler a seção do cliente desse my.ini conforme necessário.