Para MySQL 5.1 (e superior), ele divide o armazenamento para a parte inteira e a parte fracionária, e abre espaço para armazenamento para o maior número possível. Então, para um DECIMAL(12,6), você precisa de 3 bytes para a parte inteira e 3 bytes para a parte fracionária. Não parece que diminui o armazenamento com base no valor; ele coloca a memória de lado, não importa qual seja o valor.

Você pode conferir a documentação aqui:

Página do manual decimal do MySQL