É causado por incompatibilidade de versão.

No meu sistema, eu tinha o MySQL Connector 6.9.6. Emitindo o comando no NuGet Package Manager Console:

Install-Package MySql.Data.Entityinstala a versão 6.9.8 por padrão. Seu conector deve corresponder à versão real do pacote NuGet. Você pode baixar uma versão atualizada do conector em:https://www.mysql.com/products/connector/

Aqui selecione o "driver Ado.net para MySQL" e baixe a versão correspondente (neste caso 6.9.8). Reabra o Visual Studio e agora o assistente não falha. Nenhuma reinicialização necessária.