Mysql
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Obtenha dados do MySql e armazene-os no array Javascript

while($row= mysqli_fetch_assoc($dbcon,$result)){
    $data[] = array("lat"=>$row["geo_lat"], "lon"=>$row["geo_long"], "value"=>1);
}
echo json_encode($data);

deve obter o que você está procurando. ao construir dados para json_encode apenas use tipos php nativos em vez de json, deixe json_encode cuidar disso