Como compensar uma tabela HTML com PHP para subtrair o valor da célula da 1ª linha do valor da célula da 2ª linha de colunas diferentes

Tente algo nesse sentido. Apenas uma diretriz, a implementação real depende de você. Também recomendo que você use {} em vez de endwhile .

   <?php 
    $last_row = $mysqli_fetch_array($search_result));
    while($row = mysqli_fetch_array($search_result)){
    //this is pseudocode, you will need to convert to date objects
    $timediff = $last_row['StateStarttime'] - $row['StateEndtime'];
    ?>
        <tr>
            <td align="Center"><?php echo $row['id'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['EmpID'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['Date'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['Username'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['Computername'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['State'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['MinutesatState'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['StateStarttime'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['StateEndtime'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['Timestamp'];?></td>
            // echo $timediff
        </tr>
        <?php
        $last_row = $row;
    }?>