Aqui está a solução,
a seguir está o conteúdo do arquivo manifest.txt
Main-Class: filename
Class-Path: . mysql-connector-java-5.1.33-bin.jar
O conector mysql-connector-java-5.1.33-bin.jar deve estar no mesmo diretório para que o arquivo jar o inclua.
Este conector pode ser facilmente baixado ou pode ser encontrado na pasta mysql em arquivos de programa
Depois disso do cmd, o comando deve ser executado
jar -cvfm jarfilename.jar manifest.txt *.class
Um novo arquivo jar será criado com base em seu arquivo de classe e manifesto, então ele pode ser facilmente executável com um clique duplo e o servidor responderá da mesma forma que no modo cmd.
