Você pode truncar a tabela usando
TRUNCATE `table`
Truncar irá excluir todos os dados na mesa. Observe que usar
TRUNCATE
também não irá disparar nenhum gatilho DELETE como DELETE
. Ou você pode redefinir a contagem usando
ALTER TABLE `table` AUTO_INCREMENT = 1
No entanto, é o comportamento esperado. Não faça o último a menos que a mesa esteja realmente vazia.