Mysql
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Data atual na cláusula WHERE do MySQL


Você precisa formatar a data em PHP para que fique no formato que o MySQL deseja.

Tente isto:
$this->db->where('end_date >', date('Y-m-d H:i:s'));

Você também pode usar o AGORA() por esta. 
$this->db->where('end_date > NOW()', NULL, FALSE);

EDIT:Se você quiser usar o alias my_end_date , você pode usar HAVING em vez de WHERE. 
$this->db->having('my_end_date > NOW()', NULL, FALSE);