No MySQL, você pode usar FIND_IN_SET :
ORDER BY FIND_IN_SET(id, '0,2,5,1,3')
O meio mais portátil de ordenação seria usar uma expressão CASE:
ORDER BY CASE id
WHEN 0 THEN 1
WHEN 2 THEN 2
WHEN 5 THEN 3
WHEN 1 THEN 4
WHEN 3 THEN 5
END
