Se eu fosse você, não
json_encode
cada array individual, mas mescle os arrays e então json_encode
a matriz mesclada no final. Abaixo está um exemplo usando 5.4
sintaxe de matriz curta:$out = [];
while(...) {
$out[] = [ 'id' => $i, 'name' => $row['name'] ];
}
echo json_encode($out);