Por padrão, sempre que você faz uma alteração em um banco de dados MySQL, ele cria um log da consulta e o armazena em um arquivo semelhante a mysql-bin.000001 . O banco de dados MySQL faz isso para que você possa recuperar ou replicar um banco de dados. A maioria dos aplicativos é uma coisa boa para habilitar, assim como fazer backups regulares.

Se você quiser desabilitar o MySQL de criar esses logs binários:

1. Abra my.ini
2. Procure esta linha log-bin=mysql-bin
3. Comente esta linha adicionando uma marca de hash:# log-bin=mysql-bin
4. Salve e reinicie o banco de dados MySQL

Agora você pode excluir com segurança esses arquivos desse diretório.