select project_id, service_id, count(*) as count
from tbl group by project_id, service_id
order by count(*) desc
Basta adicionar
service_id para o seu group by e select Lista. Isso deve resolver. EDITAR -
Conforme comentário de
@Rajah parece que para sua saída esperada, você precisa usar order by project_id asc, service_id asc
