ALTER TABLE .. pode ser usado para mover tabelas de um banco de dados para outro:alter table my_old_db.mytable rename my_new_db.mytable
Aviso:como você perguntou, isto é uma mudança, não uma cópia para o novo banco de dados!
Mas você manterá os dados da tabela (e não as restrições de integridade, se elas se aplicarem ao seu caso)
Em relação ao php, o php é capaz de executar comandos sql para que não seja um problema.
