A abordagem está correta em termos de uso. A única coisa que eu mudaria é algo como abaixo
mappings = []
i = 0
for b, foo_x in session.query(Bar, Foo.x).join(Foo, Foo.id==Bar.foo_id):
info = {'id':b.id, 'x': foo_x}
mappings.append(info)
i = i + 1
if i % 10000 == 0:
session.bulk_update_mappings(Bar, mappings)
session.flush()
session.commit()
mappings[:] = []
session.bulk_update_mappings(Bar, mappings)
Isso garantirá que você não tenha muitos dados pendurados na memória e não faça uma inserção muito grande no banco de dados de uma só vez
